La ciudad de San Fernando fue fundada el 28 de febrero de 1788 por orden del Gobernador de la Provincia de Barinas Fernando Miyares y González, y ejecutada por el Teniente Mayor Juan Antonio Rodríguez y Fray Buenaventura de Benaocaz, bajo la denominación de Villa de San Fernando del Paso Real de Apure.
La fundación se oficializó con una ceremonia que contó con la presencia de 200 aborígenes, en dónde el Teniente Juan A. Rodríguez hizo un reconocimiento del terreno, con lo que el acta describe que el inmueble goza de buena constelación, aires puros, de abundancia en tierras de labor y cría, madera para fábricas, leña y agua corriente.
Se demarcó lo que sería la Plaza Mayor de la ciudad y se colocó una cruz donde se levantaría la iglesia, cumplido esto el Teniente anunció: "¡Queda fundada la Villa Real de San Fernando!". El nombre de la ciudad fue un homenaje al entonces Infante Fernando de Borbón, que se asocia al santoral católico San Fernando Rey.
Su vinculación con Apure fue dada por el rio homónimo en cuya margen fue establecida, y que actualmente da nombre al estado del cual es la capital. Actualmente, la ciudad de San Fernando de Apure es la capital del Municipio San Fernando y del Estado Apure.
